Gaussian 09 Rev. E 利用開始及びジョブ管理システムバージョンアップのお知らせ

平素はFOCUSスパコンをご利用いただき、誠にありがとうございます。

4月12日付通知文の「平成28年度始めメンテナンス作業終了及び運用変更点について」にて
予定していましたGaussian 09 Rev. Eの利用を開始します。
また、「FOCUSスパコン」運用変更点 の追加として、ジョブ管理システム(SLURM)の
バージョンアップ についてお知らせします。

1. Gaussian 09 Rev. Eの利用
Gaussian 09 Rev. E を共用領域(/home1/share) に導入しました。
以下いずれかの行をバッチスクリプトに記載し、利用されるバージョンを設定してください。

export g09root=/home1/share/g09e01intelsse4 (G09 Rev.E.01 ソースコード版 intelコンパイル:ABCシステム版(SSE4.2))
export g09root=/home1/share/g09e01intelavx  (G09 Rev.E.01 ソースコード版 intelコンパイル:DEシステム版(AVX))
export g09root=/home1/share/g09e01pgi         (G09 Rev.E.01 ソースコード版 pgiコンパイル)
export g09root=/home1/share/g09e01sse4        (G09 Rev.E.01 バイナリ版:ABCシステム版(SSE4.2))
export g09root=/home1/share/g09e01avx         (G09 Rev.E.01 バイナリ版:DEシステム版(AVX))

Rev.E.01 以前のバージョンをご利用の場合は、以下のいずれかを記載してください。
export g09root=/home1/share/g09              (デフォルトのG09(現在はg09d01sへリンク))
export g09root=/home1/share/g09c01           (G09 Rev.C.01 バイナリ版)
export g09root=/home1/share/g09d01s          (G09 Rev.D.01 ソースコード版 pgiコンパイル)
export g09root=/home1/share/g09d01s_intel    (G09 Rev.D.01 ソースコード版 intelコンパイル:ABCシステム版(SSE4.2))
export g09root=/home1/share/g09d01s_intel_DE (G09 Rev.D.01 ソースコード版 intelコンパイル:DEシステム版(AVX))

Gaussian 09の利用方法は、以下のページをご参照ください。
「従量利用アプリケーション利用の手引」ページ [ http://www.j-focus.jp/application_guide/ ]
>「1.1 Gaussianの実行」

Gaussian09の初回利用時はシステム上に登録する必要があるため、
OKBiz [ https://secure.okbiz.okwave.jp/focus/ ] 
> 「問合せ(技術質問)」 からGaussian09利用希望の旨ご連絡ください。
なお、Gaussian09の利用には、計算資源利用料金とは別に
ソフトウェア利用料(1ノード・時間相当あたり 120 円)がかかります。


2.ジョブ管理システム(SLURM)のバージョンアップ
ジョブ管理システム(SLURM)のバージョンアップを実施しました。
・導入バージョン v15.08.8  (旧導入バージョン v2.6.2)
バージョンアップに伴い、-p(キューの指定),-n(プロセス数の指定)等の
sbatch オプションは実行コマンドの後に記述することができなくなりました。
実行コマンドの後に記述されたsbatchオプションは無視され、
ジョブがデフォルトキュー(c006m)にて実行される等、
意図しない動作となる場合があります。
実行コマンドはsbatchオプションの後に記述してください。

【sbatch スクリプト記述例】
#!/bin/bash 
#SBATCH -p c006m
#SBATCH -n 12
#SBATCH -J test 
#SBATCH -o stdout.%J 
#SBATCH -e stderr.%J 
[実行コマンド] <--- sbatchオプション指定後に記述してください


<本件に関するお問い合わせ先>
公益財団法人計算科学振興財団 業務運用グループ
E-mail:unyo[at]j-focus.or.jp ([at]を@に変更して下さい)

  • 産業用スパコン利用相談センター
  • 「京」 利用研究課題の募集
  • 計算科学研究機構 (AICS)

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